在水质处理过程中，大部分微生物已被去除，但即使是采用微滤、超滤等方法处理水时，水中的细菌物质也不能全被去除。而一般的水质处理方法更不能除尽微生物。为确保产品在保质期内合格，保证消费者的健康，在制造饮料，特别是制造碳酸饮料、矿泉水、纯净水以及包装后不再进行二次灭菌的果汁饮料时，必须对水进行消毒处理，并要注意贮罐、管道、阀门等卫生状态，防止对水产生二次污染。
臭氧用于饮用水不仅有消毒杀菌的优点还兼有脱色,脱味去除铁、锰,去除余氯、氧化分解有机物,控制藻类,改善水质、口感，还可避免二氧化氯带来的二次污染环保无残留。是氯消毒、紫外线消毒和臭氧消毒。
消毒原理
氯消毒包括液氯、漂白粉、次氯酸钠、氯胺。其消毒原理是氯在水中会产生如下反应：
Cl2+H2O→HCl+HOCl→2H++Cl-+OCl-
反应生成的次氯酸具有很强的穿透力，能迅速穿过微生物的细胞膜，进入微生物体内，破坏微生物体内的系统使之失去的活力而致死。另一方面，次氯酸性质很不稳定，即容易放出新生态氧[O]，新生态氧与铵盐、硫化氢、氧化亚铁、亚硝酸盐以及有机物腐败后产生的物质相结合，对水中有机物和一些无机物等起氧化作用，从而抑制了依靠这些物质为营养的大部分微生物的生长，因此一般认为次氯酸具有主要的灭菌作用。而反应中生成的次氯酸根杀菌力较弱，不具有次氯酸穿透微生物细胞膜的能力，因此其消毒作用远低于次氯酸。
臭氧消毒的原理是臭氧在水中发生氧化还原反应，产生氧化能力极强的单原子氧(O)和羟基(OH)，瞬间分解水中的有机物质、细菌和微生物。羟基(OH)是强氧化剂、催化剂，可使有机物发生连锁反应，反应十分迅速。羟基(OH)对各种致病微生物有极强的杀灭作用。单原子氧(O)也具有强氧化能力，对顽强的微生物如病毒、芽孢等有强大的杀伤力。
